Article 20. La Societat és administrada per la Junta de Govern, que canalitza les iniciatives dels membres i és l’únic portaveu autoritzat de la Societat com a delegada immediata i exclusiva de l’Assemblea General. La Junta de Govern és composta del president, el secretari, el tresorer i quatre vocals. Tots els càrrecs de la Junta de Govern són elegits d’entre els membres actius pels membres presents a l’Assemblea General en què tingui lloc l’elecció. En el cas d’una vacant imprevista, els elements restants de la Junta decidiran la manera com ha de quedar assegurada la gestió encomanada al membre que ha deixat de complir-la, però el càrrec restarà vacant fins a l’Assemblea General en què es faci una nova elecció.
Article 21. Són funcions del president representar la Societat, presidir la Junta de Govern i vetllar pel compliment dels Estatuts i dels objectius de la Societat. A més, assistirà, amb veu i vot, a les reunions de la Secció Històrico-Arqueològica i als plens de l’Institut d’Estudis Catalans, d’acord amb els Estatuts i el Reglament de l’IEC. Serà membre de la Comissió de Societats Filials, i tindrà obligació d’informar la Secció Històrico-Arqueològica, d’acord amb el delegat de l’IEC, de les activitats i el funcionament de la Societat. Són funcions del secretari convocar, a petició del president, les sessions de la Junta de Govern i aixecar l’acta de les reunions. Tindrà obligació de notificar al Consell Permanent de l’IEC el programa anual de les seves activitats i els canvis que es produeixin en els càrrecs de la Junta de Govern. En acabar cada curs, i per mitjà de la Secció Històrico-Arqueològica, trametrà al secretari general de l’IEC la memòria anual. Són funcions del tresorer portar el control dels ingressos i les despeses de la Societat i presentar el balanç anual a l’Assemblea General.
Article 22. El mandat dels càrrecs de president, secretari i tresorer de la Junta de Govern dura quatre anys. Aquests càrrecs són reelegibles o renovables per una sola vegada, sense límit d’edat, incompatibilitats ni cap mena de drets adquirits.
Article 23. Per a la renovació total o parcial de la Junta de Govern, el Secretari reuneix les propostes individuals de candidats que es presentin fins al moment de celebrar l’Assemblea General en què correspongui fer l’elecció. Els membres presents a l’Assemblea votaran secretament els càrrecs de president, secretari, tresorer i vocals. Fet l’escrutini públicament, el president proclamarà els candidats que hagin obtingut més vots. En cas de paritat de vots entre dues candidatures, serà proclamada la del candidat de més edat. Si s’esdevé que al moment d’iniciar l’Assemblea General no ha estat presentada cap candidatura, el mandat del càrrec corresponent quedarà renovat automàticament, excepte en el cas dels càrrecs de president, secretari o tresorer que ja hagin complert dos mandats. En cas que no hi hagi prou candidatures per a renovar tots els càrrecs de vocal que hagin de ser renovats, se substituiran en primer lloc els de més edat.
Article 24. Un membre numerari o emèrit de l’IEC, elegit per la Secció Històrico-Arqueològica i ratificat pel Ple, actuarà com a delegat de l’IEC prop de la Junta de Govern de la Societat, i serà convocat a les seves reunions. El delegat serà responsable, davant l’IEC, de les publicacions i de les activitats públiques promogudes per la Societat, i de la conveniència de realitzar-les. El Comitè de Publicacions —o la Junta de Govern, si no hi ha cap comitè— té, tanmateix, la facultat de dictaminar, en darrera instància, sobre la qualitat o el nivell estrictament científic dels treballs proposats.
Article 25. La Junta de Govern actua com a delegada de l’Assemblea General en totes les qüestions que afecten el bon funcionament de la Societat entre les celebracions de les assemblees, i d’una manera expressa per a les altes i baixes de membres, per a la percepció de la quota anual, i per a la determinació del lloc, la data i els actes de les jornades i de les assemblees generals.
Article 26. La Junta de Govern tindrà cura de dur a terme els plans de treball exposats i decidits a les assemblees.
Article 27. Per al compliment dels objectius de la Societat, la Junta de Govern administra les aportacions que li acordi l’IEC, i així mateix els recursos, ajuts i subvencions que calguin, tant els ordinaris procedents de les quotes dels membres, com els que li arriben de les institucions o dels organismes que promouen empreses culturals i de particulars interessats en les finalitats de la Societat.
Article 28. Per a la validesa de les reunions de la Junta, cal que siguin convocades amb una setmana d’anticipació, per ordre del president, mitjançant el secretari, i han d’aplegar un mínim de quatre assistents, entre els quals hi ha d’haver el president o el secretari.